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{% raw %}
{% endraw %} {% raw %}
{% endraw %} {% raw %}

total_rna_single_sample_parameters[source]

total_rna_single_sample_parameters(outdir, sample_id, fq1, fq2, tmp_dir)

{% endraw %} {% raw %}
print(total_rna_single_sample_parameters('/path/to/outdir','test','fq1','','/path/to/tmp'))
{'outdir': '/path/to/outdir', 'sample_id': 'test', 'fq1': 'fq1', 'fq2': '', 'tmp_dir': '/path/to/tmp', 'sample_dir': '/path/to/outdir/test', 'clean_dir': '/path/to/outdir/test/clean_data', 'qc_dir': '/path/to/outdir/test/qc_data', 'align_dir': '/path/to/outdir/test/align_data', 'quantify_dir': '/path/to/outdir/test/quantify_data', 'tmp': '/path/to/tmp/test/tmp', 'cfq1': '/path/to/outdir/test/clean_data/test_clean_R1.fq.gz', 'cfq2': '/path/to/outdir/test/clean_data/test_clean_R2.fq.gz', 'fastp_qc_prefix': '/path/to/outdir/test/qc_data/test', 'hisat2_summary': '/path/to/outdir/test/qc_data/test_hisat2.summary', 'hisat2_bam': '/path/to/outdir/test/align_data/test_hisat2.bam', 'star_bam_prefix': '/path/to/outdir/test/align_data/test_STAR_', 'star_bam': '/path/to/outdir/test/align_data/test_STAR_Aligned.sortedByCoord.out.bam', 'featurecounts': '/path/to/outdir/test/quantify_data/test_featurecounts.txt'}
{% endraw %} {% raw %}
{% endraw %} {% raw %}

total_rna_analysis_parameters[source]

total_rna_analysis_parameters(outdir, **kwargs)

{% endraw %} {% raw %}
print(total_rna_analysis_parameters(outdir='/path/to/outdir',read_length=99,
                                                 miRNA=False,
                                                 star_bams=['1','2','3']))
{'outdir': '/path/to/outdir', 'kwargs': {'read_length': 99, 'miRNA': False, 'star_bams': ['1', '2', '3']}, 'star_fc_table': '/path/to/outdir/merged/star_featurecounts.txt', 'sample_info': '/path/to/outdir/sample_info.txt', 'tmp': '/path/to/outdir/tmp', 'read_length': 99, 'miRNA': False, 'star_bams': ['1', '2', '3']}
{% endraw %}