{% extends 'layout.html' %} {% block body %} {% set thres = dict() %}
MicroSALT Logo Swedac Logo

Kontakt Clinical Genomics

Clinical Genomics
Science for Life Laboratory
Tomtebodavägen 23
171 65 Solna
T: (08) 524 81 500
microSALT-teamet
E: microsalt-suggestions@scilifelab.se

Kund

{{topsample.projects.Customer_ID}}




Projektsammanställning

{% if reports|length > 1 %} {% else %} {% endif %}
Ticket ID (CG Projekt ID) {{topsample.projects.Customer_ID_project}} ({{topsample.projects.CG_ID_project}})
Kund ID (*) {{topsample.projects.Customer_ID}}
Rapport versionVersion {{reports[0].version}}, {{reports[0].date.date()}} (Ersätter version {{reports[1].version}}, {{reports[1].date.date()}})Version {{reports[0].version}}, {{reports[0].date.date()}}
Ansvarig bioinformatiker {{user}}
microSALT version {{build}}

Resultatsammanställning

{% for sample in samples %} {% if sample.organism is not none %} {% else %} {% endif %} {% if sample.ST_status == 'None' or sample.ST == -1 %} {% elif sample.ST <= -4 %} {% else %} {% endif %} {% if sample.threshold == 'Failed' %} {% elif sample.threshold == '-' %} {% else %} {% endif %} {% endfor %}
Prov ID(*) CG Prov ID Organism (*) Sekvenstyp (**) Tröskelvärden
{{sample.Customer_ID_sample}} {{sample.CG_ID_sample}}{{sample.organism.replace('_', ' ').capitalize()}}Kontroll{{ sample.ST_status }}I{{sample.ST|int|abs}} (Novel){{sample.ST_status }}Underkända-Godkända
(*) Information om prover som kommer från kund
(**) För förbättrad översikt rapporteras resultaten för kontrollprover enbart i detaljrapporten

Provsammanställning

{% for sample in samples %} {% if sample.organism is not none %} {% else %} {% endif %} {% if sample.date_arrival is not none and sample.date_arrival.date().strftime('%Y-%m-%d') != '1-01-01' %} {% else %}{% endif %} {% if sample.date_libprep is not none and sample.date_libprep.date().strftime('%Y-%m-%d') != '1-01-01' %} {% else %}{% endif %} {% if sample.method_libprep is not none and 'Not in LIMS' not in sample.method_libprep %} {% else %} {% endif %} {% if sample.date_sequencing is not none and sample.date_sequencing.date().strftime('%Y-%m-%d') != '1-01-01' %} {% else %}{% endif %} {% if sample.method_sequencing is not none and 'Not in LIMS' not in sample.method_sequencing %} {% else %} {% endif %} {% if sample.priority is not none %} {% else %} {% endif %} {% if sample.organism is not none %} {% if sample.priority == 'standard' and sample.organism.replace('_', ' ').capitalize() in verified_organisms %} {% else %} {% endif %} {% else %} {% endif %} {% endfor %}
Prov ID (*) Applikationstag (*) Organism (*) Ankomstdatum Datum prep Metod prep Datum sekvensering Metod sekvensering Prioritet (*) Verifierad (**)
{{sample.Customer_ID_sample}} {{sample.application_tag}}{{sample.organism.replace('_', ' ').capitalize()}}N/A{{sample.date_arrival.date()}}Okänt{{sample.date_libprep.date()}}Okänt{{sample.method_libprep}}Okänt{{sample.date_sequencing.date()}}Okänt{{sample.method_sequencing}}Okänt{{sample.priority.capitalize()}}-✔︎--
(*) Information om prover som kommer från kund
(**) Provet har processerats enligt standardförfarande, och består av en väl studerad organism
{% if topsample.application_tag == "MWRNXTR003" %}

Teknisk beskrivning av analysen: {{topsample.application_tag}}

{% if topsample.application_tag == "MWRNXTR003" %} Mikrobiell helgenomssekvensering av rutinprov, med krav på minst 3 miljoner läspar. Nextera library preparation. {% elif topsample.application_tag in ["MWGNXTR003", "MWMNXTR003", "MWLNXTR003"] %} Mikrobiell helgenomssekvensering, med krav på minst 3 miljoner läspar. Nextera library preparation. {% elif topsample.application_tag == "MWXNXTR003" %} Storskalig mikrobiell helgenomssekvensering av minst 176 prover, med krav på minst 3 miljoner läspar. Nextera library preparation. {% elif topsample.application_tag in ["VWGNXTR001", "VWLNXTR001"] %} Virologisk helgenomssekvensering, med krav på minst 1 miljon läspar. Nextera library preparation. {% endif %}

Analysbegränsningar för: {{topsample.application_tag}}

Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi. Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics.

Avvikelser från metoden

All kommunikation gällande order såsom tillägg, avvikelser eller ev undantag i metoden från Clinical Genomics finns tillgängligt i SupportSystem för dess ticket id. En stängd ticket kan närsomhelst öppnas upp igen för frågor.

Förbättringsförslag

Alla typer av förbättringsförslag mailas med fördel till microsalt-suggestions@scilifelab.se
Din återkopplling uppskattas!

Signatur för godkännande av rapport

Valtteri Wirta
Head of unit, Clinical Genomics

{% endif %}
{% for sample in samples %}

Översikt

{% if sample.organism is not none %} {% else %} {% endif %} {% if sample.ST_status == 'None' %} {% elif sample.ST <= -4 %} {% else %} {% endif %} {% if sample.threshold=='Failed' %} {% elif sample.threshold == '-' %} {% else %} {% endif %} {% if sample.organism in version and sample.organism is not none %} {% endif %} {% if sample.priority is not none %} {% endif %}
Ticket ID (CG Projekt ID) {{sample.projects.Customer_ID_project}} ({{sample.projects.CG_ID_project}})
Prov ID (CG Prov ID) {{sample.Customer_ID_sample}} ({{sample.CG_ID_sample}})
Analys datum {{sample.date_analysis.date()}}
Organism{{sample.organism.replace('_', ' ').capitalize()}}Okänd
Sekvenstyp{{sample.ST_status }}I{{sample.ST|int|abs}} (Novel){{sample.ST_status }}
TröskelvärdenUnderkända-Godkända
Referensversion {{version[sample.organism]}}
Prioritet {{sample.priority.capitalize()}}

Assembly

{% if sample.genome_length > -1 %} {% else %} Assemblydata saknas {% endif %}
Förväntad genomstorlek{{'{0:,}'.format(sample.genome_length)|replace(","," ")}}
GC halt{{sample.gc_percentage| round(2)}}%
N50 (minsta contiglängd för 50% av genomet){{'{0:,}'.format(sample.n50)|replace(","," ")}}
Nödvändiga contigs{{sample.contigs}}
{% if sample.genome_length > -1 %}

MLST

Identitetströskel: {{threshold.mlst_id}}%, Längdtröskel: {{threshold.mlst_span}}%, Novel misstankströskel: {{threshold.mlst_novel_id}}%
{% if not sample.seq_types|length == 0 and 'saknas' not in sample.ST_status%}
{% for seq_type in sample.seq_types if seq_type.st_predictor%} {% endfor %}
# Loci Allel Kmer Täckning Identitet % Längd (HSP) %
{{loop.index}} {{seq_type.loci}} {{seq_type.allele}} {{seq_type.contig_coverage|round(2)}}x {{seq_type.identity|round(2)}}% {{(seq_type.span*100)|round(2)}}%
{% else %} MLST data saknas {% endif %}

Resistenser

Identitetströskel: {{threshold.motif_id}}%, Längdtröskel: {{threshold.motif_span}}%
{% if not sample.resistances|selectattr('threshold', 'equalto', 'Passed')|list|length == 0 %} {% for seq_type in sample.resistances if seq_type.threshold == 'Passed' %} {% if seq_type.resistance is not none %} {% if seq_type.resistance == "Beta-lactam" %} {% else %} {% endif %} {% else %} {% if seq_type.instance == "beta-lactam" %} {% else %} {% endif %} {% endif %} {% if seq_type.reference is not none %} {% else %} {% endif %} {% if seq_type.span == 999.0 %} {% else %} {% endif %} {% endfor %}
# Gen Grupp Referens Kmer Täckning Identitet % Längd (HSP) %
{{loop.index}} {{seq_type.gene}}Beta-lactamase{{seq_type.resistance}}Beta-lactamase{{seq_type.instance|title}}{{seq_type.reference}}Okänd{{seq_type.contig_coverage|round(2) }}x {{seq_type.identity|round(2) }}%Odefinierad{{(seq_type.span*100)|round(2) }}%
{% else %} Resistensdata saknas {% endif %}
{% endif %}
{% endfor %}
Slut på rapport
{% endblock %}